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yhlhhhhh yhlhhhhh - 每日與生物工程斗智斗勇到謝頂 祖源分析

基于e11祖源結(jié)果的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)分類器

好久不見~先解釋一下,最近之所以在社區(qū)露面的少是因?yàn)樵诰恚╞ushi)建模國賽,所以如果有的時(shí)候回信息不及時(shí)還請(qǐng)見諒~
Anyway, 因?yàn)闇?zhǔn)備的過程中,卷大量的算法,其中就包括了神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),于是我就突發(fā)奇想:那是不是用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)對(duì)不同族群的e11結(jié)果訓(xùn)練模型,再分類,是不是可以實(shí)現(xiàn)大批量未知民族樣本的族群預(yù)測。
于是本著有什么想法都要試試的好奇心,我打開了MATLAB軟件,一開始以hapmap數(shù)據(jù)集為例,用貝葉斯優(yōu)化試著跑了一遍,找到了一個(gè)比較好的超參數(shù),最后發(fā)現(xiàn)準(zhǔn)確度不錯(cuò),92%,所以我又接著用HGDP亞洲部分?jǐn)?shù)據(jù)集進(jìn)行訓(xùn)練,發(fā)現(xiàn)結(jié)果也不錯(cuò),也是90%左右。接著分析混淆矩陣,發(fā)現(xiàn)一些類別容易混淆,接著又合并了一些類別。
最終,確定類別為9類,其混淆矩陣如下:?

untitled1.png


神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)如下圖:?

截屏2022-08-01_上午10.32_.01_.png


接著為了方便各位使用 我還特意寫了python腳本,準(zhǔn)確度最高是99.29%(因?yàn)镸ATLAB氪金費(fèi)用。。。不菲。。。,而且MATLAB本身體積也很大)如下圖:

捕獲.PNG


截屏2022-08-01_下午5.55_.45_.png


現(xiàn)在也開源在我的GitHub上了~歡迎大家下載和pull request~
https://github.com/yhlhhhhh/Ancestor-predictor-for-Asian
未來展望的話就是能對(duì)跨族混血人群友好一些吧,能加入混血機(jī)制~其次就是用GAN(生成對(duì)抗網(wǎng)絡(luò))實(shí)現(xiàn)更多人群的分類。
2022-08-02 ? IP屬地北京
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實(shí)干興壇,期待微解讀??
yhlhhhhh - 每日與生物工程斗智斗勇到謝頂
現(xiàn)在混合機(jī)制已經(jīng)出來了。原理就是利用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的輸出層每個(gè)節(jié)點(diǎn)的權(quán)重相對(duì)于個(gè)人的z得分,為正的則說明該成分較其他成分而言較為顯著,對(duì)篩選出的成分的權(quán)重再進(jìn)行求平均,即可得到結(jié)果。算法的好處就是相對(duì)于vahaduo的操作來說是直接自動(dòng)定k值(也就是混合族群數(shù))的。得益于這個(gè)算法篩選比較嚴(yán)格,所以說在原基礎(chǔ)上我們又增加了藏族、回族類,并且將原來的漢族類分為了南漢類和北漢類,未來可能還會(huì)加入中部漢類以及更多類。

捕獲5.PNG

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那個(gè)網(wǎng)站講了太多如何潤,怎么潤的話題,現(xiàn)在處于無法登陸狀態(tài)。打不開。
只可以分類民族嗎 可以具體到區(qū)域不
寫得挺好,至于數(shù)據(jù)方面,有興趣的話也可以嘗試使用虛擬機(jī)+Ubuntu來轉(zhuǎn)化或拆解哈佛大學(xué)Reich實(shí)驗(yàn)室的1240K+HO科研樣本數(shù)據(jù)包,那里的數(shù)據(jù)遠(yuǎn)比傳統(tǒng)的千人基因組、HGDP、SGDP等數(shù)據(jù)量更大(一萬多例)、種類更齊全

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