人類Y染色體是人體染色體中最短的，長度只有X染色體的1/3，而且正逐漸退化，大多數序列無實質功能，包含的遺傳信息非常少。最初，Y染色體包含約1，500個基因，現在僅剩下約86個基因，只編碼23種不同的蛋白質。


Y染色體上沒有生命必需的基因——因而人類的女性雖然不擁有Y染色體也可以正常存活。Y染色體的少數功能基因基本上只與男性特征有關(惟一明確的與 Y染色體的缺陷有關的人類疾病是睪丸發育不良)。從功能的角度來講，所有正常男性的Y染色體都是一樣的。對Y染色體進行DNA鑒定可以發現的差別絕大多數與功能無關。



以每傳一代父子關系的確定性為90%計算，傳2代的確定性為81%，傳3代為73%，依此類推，到第7代就低至48%，到第80代確定性僅為 0.02%。這意味著當代每一萬個名義上的孔子后裔中，僅有2人DNA鑒定可能合格。如確定性按95%計算，第80代后裔的確定性只有1.7%。即使確定性按99%計算(這實際上絕無可能)，傳80代后，確定性也只有45%。(作者系武漢生物制品研究所研究員)