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爽朗的USH2A基因 祖源分析

為什么K12B的分析和這里的大不同?

2016-08-14 ? IP屬地鄭州
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wang - 哈佛醫學院、德國馬普所分子人類學博士后
K12b分析結果的問題:
K12b的原理是根據位點的頻率差異在模擬出12個祖先群體作為參考群體,然后將某樣本的數據與這12個構想的參考群體進行比較。East Asian這一分類對應的是100%的日本人和80%左右的韓國人,可以說K12b是用日韓來代表“East Asian”;“Southeast_Asian”對應的則是傣族和越南人。?
East_Asian ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 66.33%
Southeast_Asian ? ? ? ? ? ? ? ?25.56%
可以這樣理解,K12b把你的祖源分解為66.33%的日韓成分+25.56%的(傣和越南人)。
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K12b也把漢族(Han)分解為55.2%的日韓+44.8%的(傣和越南人),所以在K12b里你得不到漢族祖源成分,而是籠統的“East Asian”,這個“East Asian”的參考人群是日本人。為什么日本人會被這類算法認為是祖先參考人群哪?因為日本人里有古老的繩文人遺傳混合,繩文人是在至少1.2萬多年前就與其他東亞群體分開的古老人群,有著與現有東亞人群不同的遺傳背景。這就造成了現有東亞人群的遺傳多樣性無法涵蓋日本人,也就造成了日本人是祖先群體的假象。
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WeGene是把北方漢族和南方漢族設定為祖先群體來看某樣本的遺傳歸屬,某漢族樣本自然就和北方漢或南方漢更近而不是和日本人更近了,所以會有您祖源中的北方漢族成分。
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WeGene原始數據導入Gedmatch之后出現非洲成分:
首先請放心,您沒有非洲成分,非洲人群對于東亞來講是個遺傳學上的外類群,近幾萬年沒有基因交流。
WeGene原始數據會出現非洲成分可能是因為極少量的探針是沒有confirmed過的,1%-2%的位點可能是有問題的,這些有問題的位點在東亞人群中是沒有的,會被認為是來自非洲的、中東的等等??梢园盐打炞C的探針得出的位點剔除掉,看還有沒有奇怪的非洲成分。
我在WeGene,23&me和Ancestry都測了,而且把三套數據都上載到了GEDmatch。用WeGene數據得到的結果與用另外兩個公司的數據得到的結果有明顯的不同,主要是23&me和Ancestry的數據都不顯示有任何African成分。用WeGene數據得到的Dodecad World9結果如下:
?????East_Asian????????????????? 76.69
?????Siberian????????????????????? 19.62
?????African?????????????????????????1.59
?????Atlantic_Baltic????????????? 1.2
?????Caucasus_Gedrosia???? 0.67
?????Southern???????????????????? 0.18
?????Amerindian???????????????? 0.05
的確如此~ 我也出現非洲成分了~
@wang 謝謝你的解釋!
我的非洲都超過3了。沒啥了,組團找非洲親戚好了
shuer - 一句話介紹
可能是老祖宗幾萬年前從非洲遷來時帶過來的非洲血統的殘留吧

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